Durante la colonia, la presencia de la Compañía de Jesús en la selva peruana se concentro en las celebres Misiones de Maynas; ubicadas al otro lado del pongo de Manseriche, limite actual del Vicariato; estuvo atendido por sacerdotes seculares y religiosos Mercedarios.  Entre los años 1637 a 1668, los Misioneros Jesuitas de Maynas utilizaron para sus viajes la ruta de Loja - Jaén de Bracamoros - Río Marañón, evangelizando incidentalmente a las poblaciones de transito. De 1691 a 1695, el superior de Maynas, P. Francisco Vica S.J. Dedicó Todos sus esfuerzos a reunir a los jíbaros del Río Santiago, sin mayores resultados.  

Por resolución Suprema N° 30, del 1° de enero de 1945, el Gobierno Peruano encomendó esta misión a la Compañía de Jesús, y por la Constitución Apostólica "In Orbis Catholici" (11-01-1946) , El Papa  Pío XII creo la prefectura Apostólica De San Francisco Javier De Marañón, confiándola así mismo a los Jesuitas.   La parte occidental de la misión fue segregada de la Diócesis de Cajamarca, y la Oriental de la de  Chachapoyas y del Vicariato Apostólico de Yurimaguas. 

En 1953 la Sagrada Congregación de Propaganda FIDE le anexó la Provincia de Jaén, que en un principio había quedado separada.   Por la bula "Cum Die" del 24 de abril de 1971, se suprimió la palabra "Marañón del titulo de este Vicariato. El 8 de junio 1971, SS. Pablo VI elevó la Prefectura Apostólica de "San Francisco Javier",  a Vicariato Apostólico, designando a Monseñor Antonio de Hornedo Correa S.J. como primer Vicario Apostólico.

Posteriormente, el 22 de noviembre de 1980, se le designa oficialmente como "Vicariato Apostólico de Jaén en Perú o de San Francisco Javier", cuya fiesta se celebra el 3 de diciembre. Desde tiempos inmemorables, el "Señor de Huamantanga", cuya fiesta es el 14 de septiembre, es el Patrono y la imagen más venerada en la Iglesia - Catedral de Jaén, a la que concurren devotos de toda la provincia y numerosos peregrinos del norte del país