El territorio del Vicariato de Jaén está conformado por cuatro provincias políticas: Jaén (Cajamarca), San Ignacio (Cajamarca), la Provincia de Condorcanqui (Amazonas), y dos distritos: Imaza y Aramango, de la Provincia de Bagua (Amazonas).  

Provincia de Jaén

1.- Jaén

2.- Bellavista

3.- Colasay

4.- Chontalí

5.- Huabal

6.- Las Pirias

7.- Pucará

8.- Pomahuaca

9.- Santa Rosa

10.-Sallique

11.-San Felipe

12.-San José del Alto

Provincia de San Ignacio

13.- San Ignacio

14.- Chirinos

15.- La Coipa

16.- Namballe

17.- Tabaconas

18.- San José de Lourdes

19.- Huarango

Prov. de Condorcanqui

20.- El Cenepa

21 .- Río Santiago

22.- Nieva

Distritos de Bagua

23.- Imaza

24.- Aramango